O JabRef administra referência no sistema nativo BiBTex, que é o mais prático para trabalhar com LaTeX, mas é capaz de importar e exportar outros formatos de bibliografias, compatíveis com o EndNote por exemplo.
Além de poder gerenciar suas bibliografias, o programa permite ligar diretamente ao arquivo pdf, além de buscar informações na rede utilizando somente o D.O.I. do documento.
Você só pode fornecer uma análise uma vez que você tenha baixado o arquivo.